Gegenüber der Turm-Kapelle befindet sich die Kreuz- oder Arme Seelen-Kapelle (1748), in der ein schönes Kruzifix zu sehen ist. Beide Kapellen sind mit kostbaren schmiedeeisernen Gittern gegen den Kirchenraum hin abgeschlossen. Sie tragen die Jahreszahlen 1749 und 1757. Die herrlichen Beschläge und alle zierlichen Kunstschmiedearbeiten verdankt die Nachwelt dem Wiener Schlossermeister JOHANN FRANK.
Die Bänke aus Eichenholz, die mit edlen Schnitzereien versehen sind, wurden erst 1771 aufgestellt. Sie stammen aus der Werkstatt des Wiener Tischlermeisters JOHANN PETER SERTL. Auch die Kreuzwegbilder sind sehenswert. Es handelt sich um wunderbare Kupferstiche in Schabtechnik.
Der Besucher ist nun wieder zum Portal zurückgekehrt. Vielleicht verharrt der andächtige Betrachter zum stillen Gebet, denn in dieser Gnadenstätte findet der Kunstsachverständige Schönheit, der Denker tiefe Weisheit, der Künstler Erhebung, der Beter Stille und Geborgenheit, Gnade und Frieden.
Der vierte Seitenaltar (in der Nähe des Haupteinganges) ist mit dem großen Gemälde der hl. Notburga vesehen (N. Fritsch 1749). Im ovalen Bild oben sieht man den hl. Florian, im kleinen Bild unter dem Altarbild den hl. Martin, den Patron der früheren Pfarrkirche. Die Seitenfiguren verweisen auf zwei der Vierzehn Nothelfer, auf die hl. Apollonia (mit der Zange) und auf die hl. Barbara (mit dem Turm).
Die imposante Figurengruppe gegenüber der Kanzel stellt den hl. Franz Xaver dar, den Missionar aus dem Jesuitenorden, der in Indien und Ostasien wirkte. Hier tauft er zwei Heiden, die merkwürdigerweise als Schwarzer und Indianaer dargestellt sind. Das Kunstwerk wurde von Christoph Schönlaub geschaffen (1761)
Die prächtige Orgel über dem Hauptportal gilt als das erste Werk des Wiener Orgelbauers ANTON PFLIEGLER und erklang erstmals am 26. Juli 1767. Die Bestellung erfolgte aber noch an Pflieglers Schwiegervater Johann Hencke. So steht denn auch der Prospektaufbau noch ganz in der Tradition Henckes, wobei hier ebenso genial wie in Herzogenburg oder Maria Taferl eine vorgegebene Fensterfront umbaut wurde. Das Brüstungspositiv, das im optischen Aufbau den beiden Hauptkästen um nichts nachsteht, ragt so gleichsam aus der Brüstung in das Fenster hinein. Die gleichzeitig angebrachten Emporengitter lassen die dahinterstehende Hauptorgel nicht nur optisch, sondern auch klanglich besser zur Geltung kommen. Die Pfliegler-Orgel mit ihren 17 Registern blieb von späteren Eingriffen nicht verschont. Bedeutsam war vor allem die teilweise klangliche Veränderung durch Johann Gatto im Jahr 1839. Die letzte Restaurierung behob alle Schäden, und damit ist eine der wichtigsten Barockorgeln Österreichs wieder hergestellt.
Am Pfeiler unter dem Musikchor befindet sich eine Statue, die die Schmerzensmutter Maria darstellt und die, wie ihr Gegenüber, die kostbare Ecce-homo Plastik, aus einer der beiden aufgelassenen Kirchen Nöstachs hierher gekommen sind. Neben der Statue der Schmerzensmutter befindet sich jene des Markgrafen Leopold, des Heiligen, der als Stifter von Heiligenkreuz. Klosterneuburg und Kleinmariazell (damals: Mariazell in Österreich) gilt.
Vor dem Besucher liegt nun ein faszinierender ovaler Innenraum, überreich mit Gold verziert, mit Bildern und Skulpturen ausgestattet. Die Pläne zu diesem herrlichen Gotteshaus stammen von Daniel DIETRICH, einem Wiener Baumeister. Den Hochaltar, die beiden Oratorien und die kunstvolle Kanzel entwarf der Innsbrucker Balthsar F. MOLL, der Hofbildhauer Maria Theresias.
Ignaz Mildorfer (1719-1775), Schüler Paul Trogers, schuf 1744 sein erstes großes eigenständiges Werk an der Decke der Kirche, Er bekam den Auftrag über Vermittlung von Johann Nikolaus Moll der für die Planung des Hochaltars im Jahr zuvor verantwortlich gezeichnet hatte.
Das zentrale Programm des Freskos ist, den Heilsplan Gottes für die Erlösung der Menschen und die Rolle Mariens darin zu zeigen.
Die Malerei ist in drei Ebenen gegliedert: eine zentrale himmlische Zone und zwei umlaufende Kreise. die aus jeweils vier Blickrichtungen betrachtet werden können.
Der himmlischen Zone im Zentrum wir durch blasse Farben Transzendez verliehen.
Der Hochaltar wurde 1744 nach dem Entwurf des Bildhauers BALTHASAR F. MOLL gestaltet, der u. a. den Doppelsarkophag Maria Theresias und ihrs Gemahls Franz Stephan von Lothringen sowie Grabdenkmäler zahlreicher Mitglieder der kaiserlichen Familie in der Kapuzinergruft in Wien geschaffen hat.
In der Apsis findet der Betrachter die Darstellung Gottvaters unter dem Symbol des Heiligen Geistes (Taube). Darunter steht der Thron der Maria mit dem Kind (Gnadenstatue), der von zwei Engeln getragen wird. Vor den Fenstern der Apsis wachen zwei überlebensgroße Figuren, die Erzengel Raphael und Michael. Der barocke Altartisch ist vergoldet, blumentragende Engel umgeben den Tabernakel. Voluten und Leuchter betonen den symmetrischen Aufbau und kontrastieren mit dem rötlichen Stuckmarmor der Säulen in der Apsis. Nur schwer löst sich der Blick des Kirchenbesuchers vom leuchtenden Gold des Altartisches, dem strahlenden Weiß der Engelsstatuen und dem Rot der Säulen und wendet sich den beiden Oratorien zu, die durch ein sanftes Grün abgehoben sind. Im linken Oratorium befindet sich das Archiv, im rechten Oratorium ist eine Kapelle eingerichtet. Unter dieser Hauskapelle sind die Sakristei und die Werktagskapelle untergebracht.
Im Altarraum (Presbyterium) befindet sich auf der linken Seite die Pfeilerfigur des hl. Antonius von Padua.
Darunter hängt ein Votivbild, das die Gemeinde Grossau 1741 gestiftet hat.
Die Tragestatue der Gottesmutter mit dem Jesuskind ist unbekannter Herkunft und wurde von Pfarrer Fr. M. Wagner, der von 1939 bis 1943 die Pfarre Hafnerberg leitete, aufgestellt.
Der Besucher, der seinen Rundgang vom Altar aus nach links fortsetzt, erblickt die Statue der hl. Eleonora.
Darunter erinnert eine Gedenktafel an den Stifter der Wallfahrtskirche, Adam Petras. Gegenüber dem Votivbild aus Grossau hängt ein weiteres aus Siegenfeld (Ex voto 1762). Die imposante Figurengruppe gegenüber der Kanzel stellt den hl. Franz Xaver dar, den Missionar aus dem Jesuitenorden, der in Indien und Ostasien wirkte. Hier tauft er zwei Heiden, die merkwürdigerweise als Dunkelhäutiger und Indianer dargestellt sind. Das Kunstwerk wurde von CHRISTOPH SCHÖNLAUB geschaffen (1761).
Der zweite Seitenaltar zeigt im Altarbild die Krönung Mariens (Ignaz Mildorfer 1741), das Bild darunter erinnert an die hl. Rosalia. Die beiden seitlichen Figuren sind die Pestheilgen Sebastian (mit den Pfeilen) und Rochus (mit dem Hund).
Der erste Seitenaltar ist dem hl. Donatus von Münstereifel (Ignaz Mildorfer 1752) geweiht.
Er ist der Schutzpatron gegen Unwetter, Blitzschlag, Hagel und Feuersbrunst.
Das Altarbild von JOSEF IGNAZ MILDRFER (1752) zeigt die wahrscheinlich älteste Darstellung der Hafnerberger Kirche: Der Heilige bittet während eines Gewitters um Schutz für den Wallfahrtsort. Die Altarstatuen zeigen den hl. Erazmus (mit der Winde) und den hl. Blasius (mit dem gekreuzten Kerzen). Das kleine Porträt der Mater dolorosa bringt den stillen Schmerz Mariens zum Ausdruk. Das ovale Bild über dem Altar stellt wiederum den hl. Benedikt dar.
Am nächsten Pfeiler sieht man die Figur des hl. Vinzenz Ferrer, der im 15. Jahrhundert als Bußprediger berühmt war.
In der links vom Eingang gelegenen Turm- oder Benediktskapelle befindet sich der Altar des hl. Benedikt (Ignaz Mildorfer 1755). Diese Kapelle erinnert an die geistigen Urheber der Wallfahrtskirche, an die Benediktinermönche von (Klein-) Mariazell im Wienerwald. Das Altarbild zeigt Benedikt und Scholastika, die Seitenstatuen stellen die hl. Placidus und Mauritius dar.
Hier ist auch die Pankratius-Statue aus der alten Kirche der Pankraziburg (jetzt nur mehr Ruine).
Das Original der spätgotischen Pietá, wahrscheinlich aus der ehemaligen Martinskirche in Nöstach, befindet sich in der Werktagskapelle..